チャージバックが発生した場合は、メールでご連絡いたします。
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対象となる決済は、管理画面の「不正懸念取引」からご確認ください。
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また、不正懸念取引が登録されますとdispute.createdのイベントが発生いたしますので、webhookで任意の方法で通知を受け取っていただくことも可能です。
​https://pay.jp/docs/webhook
※実装方法は開発ご担当者様とご相談ください。
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チャージバックが発生した場合の流れは、こちらをご確認ください。

参考：チャージバックの回答期限の延長や-回答後に反証資料の追加提出はできますか