PAY.JPでの定期課金はUTCタイムゾーンで計算されます。

課金日（billing_day）の設定がされていないプランでは日本時間9時までに定期課金が作成された場合、UTCではその前日を基準としてサイクルが計算されます。
 
詳細は定期課金のドキュメントをご参照ください。
 
課金日（billing_day）を設定したプランであればこうした問題は起きませんので、課金日（billing_day）を設定したプランの作成をご検討ください。