PAY.JPの決済手数料は、PAY.JP 利用規約 第7条6項において

代理受領と規定されているため、消費税法上「課税取引」となります。

決済金額については消費税込みで処理頂いており、決済手数料には予め消費税が含まれております。

※別途消費税がかかることはございません。

参照： 利用規約