一部返金については、実施いただくと裏側の動きとしては、下記の処理が行われます。

(1)一部返金後の金額で再度決済
(2)前回決済分の全額キャンセル

そのため、先に一部返金後の金額で再度決済が行われます。

全額決済のキャンセル分の反映のタイミングは、カード会社により異なりますため、詳細はお客様よりカード会社にお問い合わせいただくようお願いします。

https://help.pay.jp/ja/articles/3438233-カード所有者への請求や払戻しはいつ行なわれますか

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